Viaje a España.

Francisco emprendió un viaje apostólico a España durante los años 1213-1214. Quería pasar de allí a evangelizar los sarracenos de Marruecos. Pero esta vez Francisco no consiguió sus propósitos porque una enfermedad le forzó a volver a Italia. En la Porciúncula recibió a un grupo de letrados que habían entrado en la Orden. Uno de ellos fue el hermano Tomás de Celano, que llegó a ser el autor de tres biografías de Francisco.

En noviembre  de 1215 Francisco asistió a uno de los más importantes eventos de la historia de la Iglesia, el Cuarto Concilio de Letrán, convocado por el Papa Inocencio III. Fue probablemente durante este acontecimiento cuando Francisco se encontró con otro gran fundador de una orden apostólica, con Domingo de Guzmán. Este concilio tomó importantes decisiones, entre ellas la de no aprobar nuevas reglas para órdenes religiosas. Francisco tuvo la suerte de lograr la aprobación definitiva de su Regla en 1223 por la indulgencia de Inocencio III que ya la había aprobado oralmente en 1209.

El 16 de julio de 1216 murió en Perusa el Papa Inocencio III. Con esta ocasión Jacobo de Vitry, que había sido elegido obispo de Acre, en los Santos Lugares, en una carta escrita desde Génova, menciona a los Hermanos Menores y a las Damas Pobres de San Damián. Es el primer documento no franciscano que hace referencia al movimiento franciscano. Honorio III sucedió a Inocencio III.

Los capítulos de Pentecostés.

La Porciúncula se convirtió en lugar de reuniones anuales de los hermanos, llamadas Capítulos Generales. Tenían lugar ordinariamente durante la fiesta de Pentecostés, entre mayo y junio. Tenemos documentación de algunos de esos Capítulos. En el que tuvo lugar en 1217 los hermanos decidieron organizar misiones al norte de los Alpes y al otro lado del Mediterráneo. El hermano Gil fue enviado a Túnez y el hermano Elías a Tierra Santa. Francisco eligió ir a Francia, pero cuando llegó a Florencia, el cardenal Hugolino, que era el legado papal en Toscana y Lombardía, le pidió que permaneciera en Italia. El cardenal Hugolino desempeñó un papel importante en la organización de la Orden. Ayudó a Francisco en la redacción final de la Regla. En 1220, Francisco lo eligió como cardenal Protector de la Orden. Hugolino fue luego elegido papa con el nombre de Gregorio IX. La amistad y conocimiento que tenía de Francisco seguro que influyó en la pronta canonización de nuestro santo, dos años sólo tras su muerte, en 1228.

En el Capítulo de 1217 la Orden se dividió en Provincias para un mejor funcionamiento y conocimiento entre los hermanos.

El Capítulo de 1219 decidió enviar nuevas expediciones misioneras a Alemania, Francia, Hungría, España y Marruecos. Los hermanos que marcharon a Marruecos fueron martirizados en Marrakesch el 16 de enero de 1220. San Berardo y sus compañeros fueron los primeros mártires franciscanos de una larga lista de heroicos hermanos que dieron testimonio del Evangelio con su sangre.

Francisco en Tierra Santa.

En este mismo Capítulo, Francisco decidió marchar a Acre y Damieta, en Egipto, donde la Quinta Cruzada intentaba conquistar Egipto. Durante el otoño de 1219 Francisco llegó a Damieta y pidió permiso al legado papal para entrar en el campo de los sarracenos. Junto al hermano Iluminado entraron en el campamento de los sarracenos e incluso pudo hablar con el sultán Melek-el-Kamel. El sultán escuchó a Francisco de buena gana y parece que le dio permiso para visitar Tierra Santa.

Cuando los cruzados conquistaron Damieta en 1220, Francisco fue a Acre, probablemente tras haber visitado los santuarios cristianos de Tierra Santa, entonces en manos de los sarracenos. Francisco y sus hermanos han permanecido en Tierra Santa desde entonces.

El tiempo que Francisco estuvo ausente de Italia la Orden estuvo en manos de los hermanos, Mateo de Narni y Gregorio de Nápoles. En la primavera de 1220 Francisco recibió noticias preocupantes acerca de la Orden. Volvió a Italia junto con los hermanos Pedro de Catania y Elías y desembarcó en Venecia. Pidió la ayuda del cardenal Hugolino, que había sido nombrado Protector de la Orden. Entonces Francisco dejó la dirección de la Orden en manos de Pedro de Catania como Vicario. Pedro murió a los pocos meses y durante el capítulo de 1221 fue nombrado vicario el hermano Elías. El año anterior, el 22 de septiembre de 1220, el papa Honorio III, por el decreto "Cum secundum consilium", ordenó el establecimiento del período de prueba o noviciado antes de admitir hermanos a la Orden. Posteriormente se extendió esta disciplina a todas las Órdenes.

El capítulo de las esteras.

Tuvo lugar en 1221. Fue famoso porque debido al gran número de hermanos que acudieron se tuvo que construir unas chozas con esteras en los alrededores de la Porciúncula. De ahí el nombre que se le da. Y  tiene mucha   importancia porque en él se aprobó la Primera Regla, o "Regla no bullata", que no tuvo aprobación papal. Fue también el capítulo que decidió enviar nuevos misioneros a Alemania, bajo la dirección de César de Speyer y Tomás de Celano, junto a Jordán de Giano, que luego escribió la crónica de este viaje misionero.

Orden Franciscana Seglar.

Durante el año 1221 también se aprobó el "Memoriale propositi" que fue la Primera Regla de la Orden de Penitencia o Orden Franciscana Seglar. Francisco aceptó  dar unas normas de vida a las personas seglares que querían abrazar los ideales evangélicos. Estas normas de vida fueron luego aprobadas por la Iglesia.

El período de 1221 y 1222 está marcado por el viaje de predicación que realizó Francisco al sur de Italia. El 15 de agosto de 1222 predicó en la plaza principal de Bolonia, una famosa ciudad universitaria, donde los hermanos tenían una escuela de teología. Por una breve nota que Francisco escribió a Antonio de Padua que data de 1223, sabemos que el famoso doctor de la Iglesia estaba enseñando teología a los hermanos en Bolonia.

La Regla aprobada.

La necesidad de tener una Regla aprobada por la Iglesia llevó a Francisco a retirarse al eremitorio de Fontecolombo en 1223, junto a los hermanos León y Bonicio de Bolonia, un experto en derecho civil y canónico. Allí escribió Francisco la versión final de la Regla que, después de muchas dificultades y oposición de parte de los superiores de las provincias, fue aprobada en Capítulo General. El 29 de noviembre de 1223 el papa Honorio III la aprobó por la bula "Solet annuere". Se le llama segunda Regla o "Regula bullata".

El Belén de Greccio.

En otro eremitorio, en Greccio, cerca del valle de Rieti, celebró Francisco de una forma original la navidad de 1223. Colocó un pesebre y unas bestias y se celebró la misa de media noche de Navidad para evocar la gran pobreza del nacimiento de Cristo en Belén.

Envío de hermanos a Inglaterra.

El capítulo General de 1224 organizó otra expedición misionera, esta vez a Inglaterra. El 10 de septiembre los primeros hermanos desembarcaron en Dover y marcharon hacia Canterbury, Londres y Oxford, donde establecieron su residencia e inmediatamente organizaron su vida de predicadores itinerantes. Tomás de Eccleston nos dejó una interesante crónica de los primeros hermanos franciscanos en Inglaterra, titulada "De adventu Fratrum Minorum in Angliam".