Muy pronto se le agregan compañeros que le piden seguir su misma vida. El primero entre ellos fue Bernardo de Quintaval, un joven rico de Asís. Invitó a Francisco a cenar en su casa. Cenaron juntos y Francisco pasó la noche en casa de su amigo y Bernardo se dio cuenta de que pasó toda la noche en oración. La mañana siguiente tomó la gran decisión. Junto con Francisco fue a la iglesia de san Nicolás, y juntos consultaron el libro de los Evangelios. Abrieron el libro tres veces y encontraron estas palabras: "Si quieres ser perfecto, ve y vende todo lo que tienes y da el dinero a los pobres, y tendrás un tesoro en el cielo. Después, ven y sígueme" (Mt 19, 21);  "No toméis nada para el camino" (Lc 9, 3); "El que quiera seguirme, que se niegue a sí mismo, que tome su cruz cada día y me siga" (Lc 9, 23). Estos textos de la Escritura constituyen la base de la Regla del nuevo movimiento evangélico iniciado por Francisco. En abril de ese mismo año 1208 otros dos hombres se juntaron a Francisco y Bernardo. Eran Pedro Cattani, un canónigo de la iglesia catedral, y Gil que era un hombre sencillo. Cuando llegaron al número de ocho marcharon por parejas a predicar hacia los cuatro puntos cardinales. Francisco y Gil fueron a las Marcas de Ancona.

La pequeña fraternidad creció rápidamente. En el otoño de 1208 los hermanos fueron a predicar al valle de Rieti. Se detuvieron en una pequeña aldea llamada Poggio Bustone, donde Francisco saludó a la gente con las palabras "Buenos días, buena gente". En un intenso momento de plegaria Francisco experimentó una sensación profunda de perdón y reconciliación consigo mismo.

Aprobación oral de la Regla.

En 1209 escribió una breve Regla para los hermanos. Se componía casi exclusivamente de textos de los Evangelios, como los citados anteriormente. Entonces decidió marchar con el grupo de hermanos a Roma para pedirle al Papa Inocencio III que aprobase su forma de vida. El Papa desconfiaba de los grupos de predicadores laicos. Había visto muchos de esos grupos y conocía sus tendencias heréticas. Predicaban el Evangelio e incluso vivían valores evangélicos en oposición a la Iglesia institución, a la que ellos atacaban en sus sermones por sus prácticas escandalosas e inmorales. Había muchas sectas heréticas, sobre todo en el sur de Francia y en el norte de Italia. Los cátaros fueron los más peligrosos. Parecía que los laicos se habían levantado contra las instituciones eclesiásticas.

Pero Inocencio III era un buen político además de ser la cabeza de la Iglesia. Después de aclarar muchas dudas sobre el grupo de mendigos que le fueron presentados por el cardenal Juan Colonna di San Paolo, creyó que Francisco era el instrumento adecuado para la reforma de laicos y clérigos, sin peligro de que cayera en la herejía. (La tradición dice que el Papa tuvo un sueño en el que vio a Francisco aguantando la Iglesia para que no cayera, y así lo pintó Giotto). Por eso Inocencio III aprobó oralmente la Regla de los Hermanos Menores, tal como llamó Francisco a sus frailes en la firme creencia de que ellos debían vivir como verdaderos hermanos y como verdaderos "minores" según el modelo de Cristo y de los apóstoles.

El Papa de muestras de su buen criterio eclesial y político, percatándose del extraordinario instrumento en que puede convertirse la sincera piedad de Francisco y sus hermanos, para reformar a laicos y clérigos, y es así como procedió de inmediato a aprobar oralmente al Regla.

Rivo Torto.

El grupo de hermanos volvió a Asís lleno de alegría. Se establecieron en Rivo Torto, a escasa distancia de la Porciúncula. En este lugar permanecieron algunos meses gozosos en extrema pobreza. Cuando el electo emperador Otón VI, con su séquito, pasó por el camino cercano en su viaje a Roma para ser coronado por el Papa, Francisco envió a uno de sus hermanos para que valientemente anunciara al emperador que la gloria es breve. El hermano, obediente, sufre las iras de la soldadesca, pero regresa satisfecho por haber sabido obedecer al santo.

Un labriego exigió con malos modos que se le dieran las pequeñas chozas donde vivían los hermanos. Entonces Francisco y los hermanos dejaron Rivo Torto y volvieron a la Porciúncula.

Una de las características del grupo de Francisco y los suyos era su apertura universal al diálogo. Francisco quiso encontrarse con herejes, sarracenos, ladrones. En 1211 se marchó a tierra de sarracenos. Su viejo sueño de caballería y gloria de las cruzadas se había cambiado en un deseo de corazón de embarcarse en una cruzada pacífica para predicar a los sarracenos. Pero su plan falló esta vez. Su barco fue alcanzado por una tormenta y naufragó en la costa de Dalmacia. Francisco tuvo que volver a Ancona.