Francisco entró en pugna con su padre. Pedro Bernardone estaba convencido de que su hijo estaba arruinando su negocio y la reputación familiar. No podía soportar que su hijo mendigara piedras para reparar la iglesita de San Damián ni podía admitir que su hijo ayudara con prodigalidad a los mendigos y proscritos, hasta el punto de mezclarse con ellos. Madona Pica trató de calmarle, explicándole que Francisco necesitaba un tiempo para reflexionar. Todo fue en vano. El padre acusó al hijo ante la autoridad civil. Le exigía que renunciara a las posesiones paternas. Francisco le dijo que era "oblato" y que por tanto estaba sometido directamente a la autoridad del obispo.

Ante el obispo de Asís.

Por eso Pedro Bernardone le acusó ante el obispo de Asís, Guido. El juicio tuvo lugar en la casa del obispo, cerca de la iglesia de Santa María la Mayor. El obispo Guido mandó a Francisco que devolviera el dinero que había adquirido para reparar la capilla de San Damián. Francisco obedeció con prontitud devolviendo el dinero, pero, para sorpresa de todos, se desnudó y entregó toda su ropa a su padre. "De ahora en adelante, -dijo-, ya sólo diré padre a mi Padre del Cielo". A partir de ahora vistió la ropa pobre de ermitaño.

Heraldo del Gran Rey.

Caminando por caminos solitarios fue asaltado por unos ladrones. Les dijo que era el heraldo del Gran Rey. Creyeron que estaba loco y lo arrojaron a una zanja llena de nieve. Y Francisco comenzó a cantar las alabanzas del Señor. Durante algunos meses encontró hospitalidad en la abadía de San Verecondo, donde trabajó como ayudante de cocina. Y luego fue recibido en la casa de su amigo de Gubbio, Federico Spadalunga. En Gubbio servía a una comunidad de leprosos.

San Damián y las clarisas.

Durante el verano de 1206 Francisco volvió a Asís con intención de reparar la iglesia de San Damián. Comenzó a  mendigar por  todo el pueblo piedras para la reconstrucción y para la propia manutención. Al principio le disgustaba tremendamente tener que comer las sobras, pero se dijo que tenía que aprender la vida dura de los pobres. Entonces comprendió que los verdaderos "minores" de Asís no eran los comerciantes, sino los proscritos de la sociedad. Por lo que se decidió a vivir como uno de ellos. Necesitaba entender la vida de los mendigos. Y con ocasión de visitar la tumba de san Pedro, en Roma, para encarnar mejor la mendicidad, cambió sus vestidos con un mendigo, y ocupó su lugar durante todo un día.

Francisco cantaba con toda su voz cuando reparaba San Damián. Recordaba la suave voz de su madre cantando en el suave dialecto provenzal. Recordaba espontáneamente esas canciones mientras se ocupaba en su trabajo con todas las fuerzas. Los campesinos le observaban con desconfianza, pero despertaba simpatías su juventud exuberante. Les decía que San Damián llegaría a ser un lugar santo, donde en el futuro unas nobles damas servirían al Señor. Los biógrafos consideraron esas palabras como proféticas, referidas a Clara y a sus "Pobres damas de San Damián", como se llamaron al principio las clarisas.

La Porciúncula.

En poco tiempo quedó reparada la iglesia de San Damián. Entonces comenzó a reparar otras iglesias: primero la de san Pedro y luego la de santa María de los Ángeles o de la Porciúncula. Esta iglesia se convirtió en la cuna de este movimiento espiritual. Está situada en medio del valle que está situado a los pies de Asís. Francisco la descubrió entre los árboles del bosque. Pertenecía a los monjes de la abadía de san Benito del Subasio. Francisco pensó que a los monjes les gustaría que la utilizaran. Y comenzó la tarea de repararla. Más tarde la recomendó a sus frailes como uno de los lugares más santos de la Tierra. Este fue el lugar que eligió para morir en 1226. La capilla de la Porciúncula se convirtió en un lugar importante de su vida.

El ideal evangélico.

En la fiesta de san Matías, el 24 de febrero de 1208 Francisco oyó el evangelio en la misa. Hablaba de Cristo enviando a sus apóstoles a predicar con los pies descalzos, sin alforjas ni dinero. Decidió que ellos serían itinerantes y peregrinos y que predicarían la paz a todo el que quisiera escucharles. Francisco estaba alborozado. Era lo que él iba buscando. Sin pérdida de tiempo comenzó a poner en práctica lo que había oído. Se deshizo de la alforja, de las sandalias y del cinturón de cuero de ermitaño y comenzó a ir descalzo, con una túnica en forma de tau y con una cuerda a la cintura. Cambió su estilo de vida de ermitaño-penitente por el de un predicador apostólico. Este fue el ideal que su movimiento quiso seguir en adelante.